Etude Metagenomique Fonctionnelle de la Rhizosphère d’Erica Andevale

à la recherche de Gènes de Resistance à Antibiotiques

Dernièrement, la metagenomique est apparue comme une alternative aux méthodes conventionnelles de screening microbiologique, puisqu’elle permet d’étudier d’une manière exhaustive les communautés microbiennes dans leur entourage naturel.

Ici, on a utilisé cette technique pour évaluer l’extension et la diversité des mécanismes de résistance des communautés microbiennes associées à la rhizosphère d’ Erica andevalensis, bruyère extremophile et endémique de la rivière Rio Tinto, Espagne.

Pour cela on a construit une librairie metagenomique á base du plasmide pBluescript SKII+ comme vecteur de clonage, acceptant des inserts dont la taille peut varier entre 2500pb et 8000pb (paire de base).

Notre librairie comprenait 60000 clones, auxquels nos avons soumis á la sélection de quatre antibiotiques : l’acide nalidixique, la tétracycline, la streptomycine et la kanamycine.

Contre ce derniers, nous avons isolé un clone résistant avec une CMI = 10μg/ml.

Le séquençage de l’insert et son analyse bioinformatique ultérieure a révélé qu’il s’agit d’un aminoglycoside phosphotransferase APH III qui agit par désactivation par phosphorisation de l’antibiotique.